科研文献日报

技能文档

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name: keyan-wenxian-ribao
version: 1.0.0
description: "每日科研文献日报生成与管理。自动抓取PubMed/bioRxiv/arXiv最新文献，语义筛选AI/生信/病原等领域，LLM智能总结与编辑排版，中文格式报告输出，支持Zotero自动录入和知识图谱同步。当用户请求生成科研日报、更新文献收集脚本或分析研究趋势时触发。"
tags:
  - 科研文献
  - 日报生成
  - PubMed
  - arXiv
  - 文献筛选
triggers:
  - "科研日报"
  - "文献日报"
  - "每日文献"
  - "文献速递"
  - "科研文献"
  - "PubMed日报"
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# 每日科研文献日报

## 核心功能

自动化生成**生命科学×AI交叉领域**的每日科研文献日报，包含：

1. **文献采集** - 实时抓取PubMed, bioRxiv, arXiv当天最新发表
2. **智能筛选** - 语义检索AI/生信/病原/真菌等关注领域
3. **LLM总结** - 自动生成100-250字核心摘要（中英文混排）
4. **编辑排版** - 前言 + 重点推荐 + 完整列表 + 趋势总结

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## 快速开始

### 生成今日日报

```bash
# 直接使用脚本
python scripts/literature_collector.py

# 或通过项目目录运行
cd projects/literature-collector && ./run.sh
```

### 自定义配置

编辑配置文件 `config.yaml`：

```yaml
output_dir: ~/workspace/literature
search_queries:  # 搜索关键词组合
  - "metagenomics AND machine learning"
  - "fungal pathogen AND bioinformatics"
  - "single-cell AND deep learning"
high_impact_journals:
  - Nature
  - Cell
  - Science
  - Bioinformatics
```

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## 工作流程

### 第一步：文献采集

从三大数据库获取最新文献及摘要：

| 来源 | API | 查询范围 | 特点 |
|------|-----|----------|------|
| **PubMed** | EUtils | 最近1天 | 已发表论文，有PMID |
| **bioRxiv** | REST API | 最近1天 | 预印本，DOI格式 |
| **arXiv** | Export API | 最近1天 | CS/Q-Bio类别 |

### 第二步：语义筛选

根据关键词匹配筛选目标领域：

```python
CATEGORY_KEYWORDS = {
    "单细胞组学": ["single-cell", "scRNA-seq", "spatial transcriptomics"],
    "宏基因组学": ["metagenomics", "microbiome", "16S"],
    "病原真菌": ["fungal", "pathogen", "Candida", "Aspergillus"],
    "生信方法": ["bioinformatics", "algorithm", "pipeline", "tool"],
    "AI/ML": ["machine learning", "deep learning", "transformer"],
    "基因组学": ["genomics", "genome", "pan-genome"],
}
```

**优先级评分：**
- 高影响力期刊（Nature/Cell/Science）+10分
- 方法开发类文章 +5分
- 热门话题（单细胞/AI）+3分

### 第三步：LLM总结

基于摘要生成结构化中文总结：

```markdown
【研究目的】
【样本与方法】
【研究结果】
【创新性】
```

### 第四步：编辑排版

生成完整的Markdown日报结构：

```markdown
# 每日文献速递 - YYYY-MM-DD

## 编辑前言
- 日期统计
- 来源分布
- 热点领域概览

## 重点推荐 (8篇)
- 带标签分类
- 结构化摘要
- DOI链接

## 完整文献列表
- 按来源分组
- 详细元数据

## 编辑总结
- 今日趋势分析
- 编者点评
- 关注建议
```

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## 文件组织

```
literature-daily-report/
├── SKILL.md                    # 本说明文档
├── scripts/
│   └── literature_collector.py # 主收集脚本
└── references/
    ├── categories.md           # 领域分类标准
    └── workflows.md            # 工作流指南

# 输出目录
~/workspace/literature/
├── literature-YYYY-MM-DD.md   # 当日报告
└── latest.md                   # 最新报告索引
```

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## Zotero集成

文献收集完成后可自动录入Zotero文献库：

**功能特点：**
- PubMed文献：通过PMID自动添加
- bioRxiv/arXiv预印本：通过DOI自动添加
- 自动去重（已存在的文献会跳过）
- 添加标签：`literature-daily` + 日期 + 分类
- 按文献归属类别添加到对应收藏夹

**环境变量配置**：
```bash
export ZOTERO_API_KEY="your-api-key"
export ZOTERO_USER_ID="your-user-id"
export ZOTERO_GROUP_ID="your-group-id"
```

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## 高级用法

### 自定义搜索领域

在搜索配置中添加新主题：

```python
SEARCH_QUERIES = [
    '(epigenetics[Title/Abstract]) AND ((deep learning[Title/Abstract]))',
    '(CAR-T[Title/Abstract]) AND ((single-cell[Title/Abstract]))',
]
```

### 定时任务

添加crontab自动发送日报：

```bash
# 每天早上9点生成
0 9 * * * cd ~/projects/literature-collector && ./run.sh
```

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## 依赖安装

```bash
pip install requests biopython
```

## 常见问题

1. **API限流** → 增加 `time.sleep()` 延时
2. **无结果** → 扩展搜索关键词范围
3. **格式异常** → 查看缓存文件状态

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